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16S rDNA是原核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列，承担着许多重要的生物学功能。其具有9个高变区域（V1-V9）和10个保守区域，保守区反映细菌种属间亲缘关系，而高变区则反映了物种间的特异性。因此通过分析16S rDNA 可变区的序列即可得到各细菌的分类学特征，结合高通量测序可研究环境或者临床样本中的微生物组成及群落功能。
Bacterial 16S rDNA sequencing workflow
Kong HH., Trends in Molecular Medicine. 2011
1. 更多的Reads数：所测Reads数达100000条，同成本下相较于Miseq，能检测更多的测序序列和稀有微生物；
2. 更高的数据质量：新一代HiQ，优于Q30级别的完美数据质量，具有更大的反应体系、更长的碱基读长以及高保真度的碱基识别能力；
3. 更高的检测灵敏度：均一的覆盖度，高检测灵敏度，以及更高的检测通量，相较于PGM，更多的微生物物种被准确鉴定；
4. 更广的覆盖范围：可覆盖更广的可变区，大幅提升后续对序列进行物种注释时的准确度和灵敏度。
DNA样品
1. 浓度≥50ng/μL，体积≥60μL；
2. OD260/280介于1.8-2.0之间；
3. 电泳检测无明显RNA污染，基因组条带清晰、完整，无降解；
4. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用Parafilm膜密封；
5. 样品保存期间切忌反复冻融；
6. 送样时请使用干冰运输。
环境样本（如土壤、植物根系、海水、肠道等）应详细描述样本特征，如土壤：硬度较大，接近石块、取自河边，松软等。
组织样品提取DNA要注明是内生菌还是外生菌。
1. 客户样本：土壤、植物根系、海水、空气、粪便、唾液等；
2. DNA提取及质控：QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒；
3. 目标区域PCR：引物为16s-V3区、带有Barcode的特异性引物（338F-518R）；
4. 文库构建：life公司的Ion Plus Fragment Library Kit建库试剂盒；
5. 上机测序：bet36体育在线推荐life公司的Ion S5测序仪，数据量：30000 reads。
Krona样本物种丰度情况
Zamanzadeh M et al., Water Reseqrch. 2016
注：该图展示了两个样本（MD和MD+R）中每个分类群的丰度，每个分类群前的数字代表鉴定为该分类群的reads数占总reads数的百分比
微生物群落结构分析
Garcia-Mena et al., Microb Ecol, 2016
注：该图展示了正常饮食（SCD）和高脂喂养（HFD）条件下食物过敏与否对消化道微生物群落结构的不同
稀释性曲线分析结果
注：当曲线趋向平坦时，说明测序数据量合理，更多的数据量只会产生少量新的OTU，反之则表明继续测序还可能产生较多新的 OUT
Alpha多样性
注：该图展示了不同样本的Chao1丰富度估计量
Beta多样性分析结果
Michał Kolasa et al., Microbial Ecology. 2019
注：该图展示了样本间的差异多样性
LefSe分析
bet36体育在线 Lelouvier et al., Hepatology，2016
注：该图展示了两组粪便样本中差异的微生物群体
PICRUSt分析结果
注：该图展示了组间的差异KO功能条目
物种共富集分析
Odamaki et al., BMC Microbiology, 2016
注：该图展示了9个共富集群体的属间关系。不同颜色圆点表示一个共富集群体，圆点大小表示属的丰度
bet36体育在线 [1] Hussain M, Bonilla-Rosso G, Kwong Chung CKC, et al. High dietary fat intake induces a microbiota signature that promotes food allergy[J]. J Allergy Clin Immunol. 2019 Feb 13. pii: S0091-6749(19)30205-2.
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