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DNA甲基化(DNA methylation)是基因调控的手段之一，在维持细胞正常功能、传递基因组印记、胚胎发育、肿瘤发生等方面起着至关重要的作用，更是表观遗传学研究的热点。全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）作为甲基化测序的“金标准”，对有参考基因组的物种在全基因组水平进行全面、高效、高准确度的甲基化研究，从而构建单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化水平图谱。
哺乳动物DNA甲基化主要为CG型，而富含CpG二核苷酸的CpG岛常位于转录调控区附近，与56%的人类基因组编码基因相关。上海bet36体育在线与Agilent公司联手推出的CpG岛精准甲基化测序，采用SureSelect系统进行靶标富集，全面覆盖基因组中最具表观遗传学研究意义的区域，极大提高测序数据有效性，达到单碱基分辨率，同时降低成本，缩短测序时长，实现多样本实验。
A workflow for Bisulfite Sequencing
1. 精准覆盖：采用SureSelect靶标富集系统，可覆盖370万CpG，包括CpG岛、GENCODE启动子、癌症以及组织特异性DMR等，对具有生物学意义的甲基化位点实现全面覆盖；
2. 高深度：只需10Gb数据可达100×覆盖深度，是普通测序深度的3倍，极大提高了对低频甲基化位点的探测率；
3. 高灵敏度：采用Bisulfite转化前捕获，对甲基化和非甲基化均等捕获；单碱基分辨率，可精准检测每个胞嘧啶的甲基化状态；
4. 低成本、高效率：使用液体捕获技术，大大提高捕获效率；同时靶标区域的选择策略可降低成本，得以实现多样本快速实验；
组织样品≥50mg
DNA样品
1. 请提供总量≥3μg/样本，浓度≥100ng/μL的DNA；
2. OD260/280介于1.8-2.0之间；
3. 电泳检测无明显RNA污染，基因组条带清晰、完整，无降解；
4. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用Parafilm膜密封；
5. 样品保存期间切忌反复冻融；
6. 送样时请使用干冰运输。
注：不同样品之间存在差异，详情请向bet36体育在线咨询
1. DNA提取及质控：凝胶电泳质控→Nanodrop质控→Agilent 2200质控；
2. DNA超声片段化：片段化后，末端修复加A，并连接甲基化接头；
3. SureSelect靶向捕获：单链RNA探针杂交进行液相捕获；
4. Bisulfite转化：靶向捕获之后进行BS转化，降低甲基化偏好性和DNA损伤；
5. 加接头扩增：捕获之后进行PCR扩增文库构建，降低PCR偏好性；
6. 上机测序：bet36体育在线建议选择NovaSeq，双端测序，通量大，碱基精度高，而且成本低，速度快。数据量：10G。
碱基质量结果图
注：左图横坐标代表碱基位点，纵坐标代表碱基质量值，不同颜色曲线代表不同碱基在每条read上的质量值；右图横坐标代表碱基位点，纵坐标代表碱基含量比值，不同颜色曲线代表不同位点各碱基含量。
比对流程
注：该图为Bismark比对原理图
CpG位点在基因组上的分布
Li J et al., Genome Research. 2019
注：该图对比了GPS和WGBS检测出的CpG位点在基因组上的分布情况
多样本间甲基化相关性分析
Wan et al., Sci Rep. 2016
注：该图展示了罗非鱼骨骼肌雌雄两性间CpG甲基化的Pearson相关性
CIRCOS：差异甲基化区域
Yizan Ma et al., Plant Cell. 2018
注：通过绘制可视化Circos图，展示了常温（NT）和高温（HT）处理对不同品系棉花（84021和H05）花药不同时期DMR在染色体上的分布情况
DMR相关基因群PPI分析
注：基于DMS/DMR注释基因的GO条目和Pathway条目，我们可以根据其上下级调控关系绘制GO-Tree和Pathway-Act-Network，并基于STRING数据库进行PPI分析
不同样本CG-DMR的基因组分布
Rizzardi LF et al., Nat Neurosci. 2019
注：该图通过聚类分析展示了不同Cell type和neuronal中的CG-DMR在基因组结构上的分布情况
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