外显子仅占人类基因组的2.5%,但包含了基因表达相关的绝大部分信息。该区域的变异与癌症、单基因遗传病、部分复杂疾病等密切相关。外显子捕获测序仅对外显子区域的序列进行测序,相对于基因组重测序成本较低,可以用很小的数据量获得大量有用信息,对研究基因的SNP、InDel等具有很大的优势。
Aglient SureSelect外显子捕获系统 ()
1. 整合已有数据库的同时,可以发现全新的突变位点;
2. 采用生物信息学领域权威的外显子数据分析流程,并有高分文献支持;
3. 整合最新的注释数据库,确保结果的准确性和高验证率;
4. 针对特定研究对象设计多套完善的备选方案,并推荐最优的一套。
组织样品
1. 新鲜动物组织干重≥0.5g
2. 新鲜植物组织干重≥1g
3. 新鲜培养细胞数≥8×106个
4. 全血(哺乳动物)≥2ml
5. 全血(非哺乳动物)≥0.5ml
6. 福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)>10个玻片或50mm2,5-10μm厚的切片10片
DNA样品
1. 请提供总量≥3μg/样本,浓度≥50ng/μL的DNA;
2. OD260/280介于1.8-2.0之间;
3. 电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解;
4. 送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
5. 样品保存期间切忌反复冻融;
6. 送样时请使用干冰运输。
注:不同样品之间存在差异,详情请向bet36体育在线咨询
1. DNA提取及质控:凝胶电泳质控→Nanodrop质控→Agilent 2200质控;
2. 靶向捕获:Agilent Sureselect V6外显子捕获,90分钟内完成杂交;
3. 引物序列降解:去除引物序列的影响;
4. 文库构建及质控:PCR扩增;
5. 上机测序:bet36体育在线建议选择NovaSeq,双端测序,通量大,碱基精度高,而且成本低,速度快。测序数据量:10Gb。
原始数据质量控制结果
注:左图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基质量值,不同颜色曲线代表不同碱基在每条read上的质量值;右图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基含量比值,不同颜色曲线代表不同位点各碱基含量。
DNA Mapping结果
注:左图为reads在染色体上的分布情况;右图为reads与参考基因组序列比对情况
基因组比对结构优化
注:该图展示了GATK tools矫正前后的reads碱基质量值
SNP Calling
Jiang et al., Hepatology, 2014
注:IGV确认候选体细胞突变位点图
体细胞突变基因注释及突变类型
Coco S et al., Cancers, 2019
注:上图为肿瘤组织样本中的突变基因;下图为突变类型的突变频率,横轴为突变类型,纵轴为特定突变类型的突变频率
SNP/SNV筛选
Jiang et al., Hepatology, 2014
注:该图展示了肿瘤体细胞SNP/SNV突变的过滤策略
所有差异基因的GO分析结果
注:该图展示了显著性富集的前15个GO条目,横坐标表示-log10(P-value),纵坐标表示GO条目名称。
Pathway富集性散点图
注:该图展示了显著性富集的20条Pathway条目。横坐标表示pathway对应的Rich factor,纵坐标表示pathway注释信息,点的颜色表示P-value的大小,点的大小表示pathway包含的差异基因数量。
系统发育树
Jiang et al., Hepatology, 2014
注:该系统发育树表示含有HECT结构域的旁系同源物。scale bar表示每个位点氨基酸变化数,每个节点处的数值表示相应的bootstrap value。
蛋白质模型
Jiang et al., Hepatology, 2014
注:采用生物信息学手段模拟蛋白质的结构并建立了模型,分析显示Glu959突变位于HECT domain表面的α螺旋上,可能和蛋白活性位点有关。
进化分析
Jiang et al., Hepatology, 2014
注:该图展示了来自不同物种的UBE3Cparalogs的多重序列比对结果。其中,UBE3C中的突变位点用红色箭头标记。
bet36体育在线 [1] Xu LX, He MH, Dai ZH, et al. Genomic and transcriptional heterogeneity of multifocal hepatocellular carcinoma. Ann Oncol. 2019 Mar 27. pii: mdz103. (IF=13.926)
bet36体育在线 [2] Ricciuti B, Kravets S, Dahlberg SE, et al. Use of targeted next generation sequencing to characterize tumor mutational burden and efficacy of immune checkpoint inhibition in small cell lung cancer. J Immunother Cancer. 2019. (IF=8.374)
bet36体育在线 [3] Coco S, Bonfiglio S, Cittaro D, et al. Integrated Somatic and Germline Whole-Exome Sequencing Analysis in Women with Lung Cancer after a Previous Breast Cancer. Cancers (Basel). 2019 Mar 28;11(4). pii: E441. (IF=5.326)
bet36体育在线 [4] Cho SY, Chae J, Na D, et al. Unstable Genome and Transcriptome Dynamics during Tumor Metastasis Contribute to Therapeutic Heterogeneity in Colorectal Cancers. Clin Cancer Res. 2019 Jan 22. (IF=10.199)
bet36体育在线 [5] Jiang J, et al. Clinical Significance of the Ubiquitin Ligase UBE3C in Hepatocellular Carcinoma Revealed by Exome Sequencing. Hepatology. 2014 Jun;59(6):2216-27. (IF=14.079)